modification fonction ToolsR/list_dependancies.R pour exporter la liste des fonctions utiliser dans MCQR

modification fichier description et namespace pour enlever la dependance dplyr et n'improter que les fonction voulu de plyr

remplacement fonction arrange dans mcq.plot.counts par l'equivalent data.table pour enlever la dependance dplyr

# Conflicts:
#	MCQR/R/priv_mcq_compute_contrasts.R

ajout fonction priver pour reecuperer les slot matrix.model et constrasts.matrix des object cmcq.contrast
test contrast avec export (warning description avec fonction privé pour test

ajout fonction priver pour reecuperer les slot matrix.model et constrasts.matrix des object cmcq.contrast

# Conflicts:
#	MCQR/R/mcq_get.R
#	MCQR/R/priv_mcq_compute_contrasts.R

correction d'un bug dans mcq.get pour les données de labeling sans ratio, suppression de tible dans priv.mcq.compute.contrasts.R, correction sd'un bug dans priv.mcq.get.data.with.metadata.R pour les donnée labeling ou la colonne msrun etait dupliquer

correction of mcq.get for data coming from dia software (need a fix with coding Proforma peptide for dia)
coorection for output contrast matrix table without tibble (this will be removing after creation of function to output it correctly)

corection in mcq.read.diann to remove area with 0 values, remove message form mcq.compute.quantity.by.factor from mcq.compute.anova function

warning exporting some intyernal function for dev

contrast matrix en cours annotation et verification a faire

fonction de test fini mais tester que partiellement (manque les tests de la liste de facteur pour les colonne de metadata)

evolution de la definition de la classe pour stocker des infos nécéssaire au test